Primeira versão do respirômetro com as duas narinas, estimando a frequência...

Primeira versão do respirômetro com as duas narinas, estimando a frequência respiratória e tendo como saída um arquivo .png também ajustado bug para encontrar a frequência do arduino Conflicts: python/visualiza_new.py

Primeira versão do respirômetro com as duas narinas, estimando a frequência...
Primeira versão do respirômetro com as duas narinas, estimando a frequência respiratória e tendo como saída um arquivo .png também ajustado bug para encontrar a frequência do arduino Conflicts: python/visualiza_new.py
fc78bc1c · Béuren F. Bechlin · beff648d · beff648d · beff648d · beff648d
Commit fc78bc1c authored Apr 08, 2015 by Béuren F. Bechlin
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--- a/python/analise.py
+++ b/python/analise.py
-#!/usr/bin/env python 
-# -*- coding: utf-8 -*- 
-#
-# Estação biométrica CTA
-#
-# Programa para estimar a frequência respiratória
-# Este programa é utilizado em conjunto com armazenamento de dados, onde nessa etapa é utilizado os dados para realizar a Trans. de Fourier para estimar frequência respiratória.
-# 
-# Centro de Tecnologia Acadêmica - UFRGS
-# http://cta.if.ufrgs.br
-#
-# Licença: GPL v3
-# Ordem de argumentos : [arquivo_de_dados]
-# Onde: 
-# [arquivo_de_dados]: nome do arquivo que foram salvos os dados
-
-# Exemplo: python armazenamento.py '/dev/ttyACM0' 115200 coleta1.log 
-
-from scipy.fftpack import fft, fftfreq, fftshift
-import matplotlib.pyplot as plt
-import numpy as np
-import sys
-
-print "---- Programa para estimar a frequência respiratória ---- "
-print " Selecionar a quantidade de dados: "
-
-t_inicial = input('Instante inicial (em segundos): ')
-t_final = input('Instante final (em segundos): ')
-
-
-fisiologfile = open(sys.argv[1],'r')
-freq = float(fisiologfile.readline().replace('\n', '').split('\t')[1])
-
-cont_ini = t_inicial*freq
-cont_final = t_final*freq
-y[]
-i = -3 # USANDO 3 LINHAS DE COMENTÁRIO NO ARQUIVO
-for line in fisiologfile:
-	i ++ 
-	if(i > cont_ini and i <= cont_final):
-		y.append(int(line))
-
-	
-# Número de sinais coletados
-N = cont_final - cont_ini
-# Espaçamento padrão
-T = 1.0 / freq
-# Eixo X
-x = np.linspace(0.0, N*T, N)
-
-# Transformadas
-yf = fft(y)
-xf = fftfreq(N, T)
-xplot = fftshift(xf)
-yplot = fftshift(yf)
-xplot  = xplot[N/2:N]
-yplot  = np.abs(yplot[N/2:N])
-
-# Filtro cúbico de dados (Pensar se deve ser normalizado apartir do maior valor)
-y_filtrado = yplot*yplot*yplot  
-flag = 1
-for i in xrange(0, N/2):
-	if xplot[i] > 0.3 and flag == 1:
-		 ini = i
-		 flag = 0
-	if xplot[i] > 1:
-		 fim = i
-		 break
-		 
-# Integral
-soma_int = 0
-soma_norma = 0
-dx = freq / N
-for i in xrange(ini, fim):
-	aux = y_filtrado[i]*dx
-	soma_int += aux*xplot[i]
-	soma_norma + = aux
-first_moment = soma_int / soma_norma 
-print first_moment
-
-# Plot
-plt.subplot(211)
-plt.plot(x, y)
-plt.subplot(212)
-plt.plot(xplot, (1.0/N) * yplot)
-plt.grid()
-plt.show()
-
--- a/python/armazenamento.py
+++ b/python/armazenamento.py
-#!/usr/bin/env python
-# -*- coding: utf-8 -*-
-#
-# Estação biométrica CTA
-#
-# Programa para aquisição dos dados
-# Este programa é utilizado com o programa biometrica.ino no qual a taxa de amostragem é definida no microcontrolador
-#
-# Protocolo usado está disponível no biométrica.ino
-#
-# Centro de Tecnologia Acadêmica - UFRGS
-# http://cta.if.ufrgs.br
-#
-# Licença: GPL v3
-# Ordem de argumentos : [porta],[taxa_transmissão],[arquivo_saída]
-# Onde
-# [porta]: porta serial no qual o arduino está conectado
-# [taxa_transmissão]: velocidade de comunicação serial
-# [tempo_de_execução]: tempo total de execução, em segundos
-# [arquivo_saída]: nome do arquivo em que os dados serão salvos
-
-# Exemplo: python armazenamento.py '/dev/ttyACM0' 115200 coleta1.log 30
-
-import sys, time, serial, datetime
-argumento = sys.argv[1:] #renomeando os argumentos
-
-# Iniciando comunicação serial
-ser = serial.Serial(argumento[0], argumento[1])
-# Limpando buffer para retirar as medidas feitas antes de iniciar o software
-ser.setDTR(False)	# Desliga DTR
-time.sleep(0.005)
-ser.flushInput()	# Limpa buffer de dados
-ser.setDTR(True)  # Liga DTR novamente
-
-# Variáveis de controle
-frequencia = int(ser.readline().replace('\r\n',''))
-
-# Arquivos de log
-fisiologfile = open(argumento[2],'w')
-now=datetime.datetime.now()
-fisiologfile.write(now.strftime("#Frequência (Em Heartz)\t"+str(frequencia)+"\n"+"#Estação Biométrica\n"+"#Coleta de dados iniciado em: "+"%Y-%m-%d %H:%M:%S" +"\n"+"#Protocolo usado: a primeira coluna é a medida do primeiro termistor e a segunda do segundo.\n"))
-fisiologfile.close()
-
-print "Data e hora da medida \t\tMedida 1\tMedida 2"
-time = int(argumento[3])*frequencia
-time_counter = 0;
-while (time_counter <= time or time == 0):
-	time_counter += 1
-	print time, time_counter
-	try:
-		option = ser.read()
-		# Respiração
-		# 	Para o python '\x' serve para representar uma caracter HEX ASCII
-		# 	e o 0x para para valores HEX literais. O comando write do arduino
-		#	  envia um caracter, logo deve-se usar a primeira forma
-		if option == "\x0A":
-
-			sensor_value1 = ser.readline().replace('\r\n','')
-			sensor_value2 = ser.readline().replace('\r\n','')
-
-			# Arquivo de log
-			fisiologfile = open(argumento[2],'a')
-			fisiologfile.write(str(sensor_value1)+"\t"+str(sensor_value2)+"\n")
-			fisiologfile.close()
-
-			# Registra horário atual
-			now = datetime.datetime.now()
-
-			# Mostrando dados na tela
-			print now.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S.%f")[:-3],"\t", sensor_value1, "\t\t", sensor_value2
-
-		# Erro 1
-		if option == '\x01':
-			print 'Frequência muito alta para o microcontrolador: ', frequencia, '. Finalizando processo.\n'
-
-	except KeyboardInterrupt:
-				break
-
-ser.close()
--- a/python/c_1min.log
+++ b/python/c_1min.log
-#Frequência (Em Heartz)	15
-#Estação Biométrica
-#Coleta de dados iniciado em: 2015-03-13 16:27:04
-#Protocolo usado: a primeira coluna é a medida do primeiro termistor e a segunda do segundo.
-429	447
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-447	455
-445	446
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-443	470
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-449	469
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-443	467
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-442	475
-445	482
-445	491
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-423	432
-429	415
-436	449
-427	454
-432	413
-434	432
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-434	453
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-442	477
-438	475
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-445	463
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-445	458
-446	469
-450	470
-444	471
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-431	470
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-436	456
-438	449
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-446	445
-435	447
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-450	463
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-448	448
-447	463
-443	467
-440	474
-450	464
-457	464
-439	467
-446	477
-454	463
-458	452
-452	462
-447	460
-441	471
-454	474
-450	449
-452	462
-453	478
-449	435
-453	468
-453	464
-458	479
-445	485
-448	482
-448	459
-451	470
-448	473
-455	442
-452	442
-444	464
-451	469
-448	465
-443	424
-446	455
-450	451
-450	447
-438	463
-435	440
-445	448
-441	445
-442	477
-444	444
-440	444
-443	443
-437	428
-444	438
-441	440
-435	446
-440	446
-432	435
-432	434
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-436	431
-443	422
-443	427
-434	429
-435	422
-431	421
-437	419
-435	418
-437	425
-429	420
-442	402
-427	417
-432	420
-433	424
-424	416
-442	416
-430	403
-432	438
-432	426
-432	428
-429	430
-425	417
-435	420
-425	413
-426	417
-421	397
-430	417
-429	452
-422	413
-425	430
-421	427
-431	457
-430	435
-429	428
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-440	433
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-438	444
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-440	456
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-437	447
-434	453
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-444	479
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-430	453
-450	463
-448	454
-446	451
-452	449
-456	465
-451	448
-443	454
-451	463
-455	472
-448	470
-450	449
-454	466
-451	458
-454	459
-450	447
-454	471
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-450	474
-455	455
-456	459
-444	468
-454	469
-453	455
-458	474
-449	437
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-456	459
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